Pierwotnie bagna Puszczy Kampinoskiej były odwadniane tylko w zachodniej części przez niewielkie okresowe strumienie odprowadzające wodę do Bzury. Reszta tego obszaru pokryta torfowiskami zatrzymywała wodę, a okresowe przepływy pojawiały się tylko po większych powodziach. W torfowiskach południowego pasa bagiennego niknęły strumienie prowadzące wodę z Równiny Łowisko-Błońskiej.
Wraz z początkiem osadnictwa w XVIII wieku zaczęto osuszać bagna. Początkowo kopano niewielkie rowy odwadniające poszczególne działki. Od połowy XIX wieku zaczęto jednak prowadzić melioracje, które miały na celu umożliwienie uprawy roli na całym obszarze puszczańskich bagien. Prace te były zakrojone na dużą skalę i trwały aż do lat 70. XX wieku. Wówczas powstała sieć odwadniająca, na którą składają się: główny kanał Łasica – prawobrzeżny dopływ Bzury oraz wpadające do niego Zaborowski, Kromnowski, Olszowiecki i Ł-9. Na północnej granicy parku znajduje się Kanał Kromnowski – kolejny dopływ Bzury. Osuszenie terenu bagien spowodowało zniszczenie znacznej części torfowisk, obniżenie poziomu wód podziemnych i gruntu. Żyzne niegdyś gleby potorfowe stały się ubogie, bo spod zmurszałego torfu zaczął wyłaniać się piasek. Obecnie trwają prace zmierzające do spowolnienia odpływu wód i poprawy uwilgotnienia siedlisk.
Oprócz głównych kanałów na terenach bagiennych występuje sieć drobnych cieków, czynnych w okresach wysokich stanów wód podziemnych. Do większych z nich należą: dopływy Kanału Zaborowskiego – Struga i Lipkowska Woda, ciek wypływający z bagien Cichowęża i przechodzący dalej w Kanał Łasicę – Wilcza Struga, ciek płynący przez bagna Krzywej Góry - Kacapski Kanał oraz płynący przez Rybitew bezimienny dopływ Kanału Kromnowskiego. Cieki te częściowo mają charakter naturalny, częściowo noszą cechy kanałów, obecnie w wielu miejscach są rozmyte i wypłaszczone.
Wody stojące na terenie parku to stawy, oczka oraz wykopane przez człowieka niewielkie zbiorniki wodne. Do największych z nich należą: Jezioro Tomczyn, stawy w Narcie będące dołami po wydobyciu torfu, oraz powstały w 2002 r. przy oczyszczalni ścieków zbiornik retencyjno-infiltrujący „Mokre Łąki”.
Większe jeziora – starorzecza Wisły znajdują się w północnej części otuliny: Kiełpińskie, Dziekanowskie w rejonie Łomianek oraz Dolne i Górne w rejonie Kazunia, a także kilka mniejszych w okolicach Secymina.
Na obszarze Puszczy Kampinoskiej występuje jeden ciągły czwartorzędowy poziom wodonośny obejmujący piaski i żwiry tarasów zalewowych i nadzalewowych Wisły. Miąższość warstwy wodonośnej jest zróżnicowana i przeciętnie wynosi około 50 m. Głębokość występowania wód podziemnych waha się w ciągu roku. Na wiosnę w wielu miejscach występują rozlewiska, jesienią woda opada i występuje na głębokości około 1-3m. Na pasach wydmowych głębokość do wód podziemnych jest uzależniona od ukształtowania powierzchni. W zagłębieniach między wydmowych znajduje się na głębokości 1- 3 metrów, a pod wydmami nawet do kilkunastu metrów. Odpływ wód podziemnych skierowany jest na zachód i północny zachód. Zasilanie wód podziemnych odbywa się głównie na obszarach pasów wydmowych, natomiast drenaż na pasach bagiennych.
Oprócz głównych kanałów na terenach bagiennych występuje sieć drobnych cieków, czynnych w okresach wysokich stanów wód podziemnych. Do większych z nich należą: dopływy Kanału Zaborowskiego – Struga i Lipkowska Woda, ciek wypływający z bagien Cichowęża i przechodzący dalej w Kanał Łasicę – Wilcza Struga, ciek płynący przez bagna Krzywej Góry - Kacapski Kanał oraz płynący przez Rybitew bezimienny dopływ Kanału Kromnowskiego. Cieki te częściowo mają charakter naturalny, częściowo noszą cechy kanałów, obecnie w wielu miejscach są rozmyte i wypłaszczone.
Wody stojące na terenie parku to stawy, oczka oraz wykopane przez człowieka niewielkie zbiorniki wodne. Do największych z nich należą: Jezioro Tomczyn, stawy w Narcie będące dołami po wydobyciu torfu, oraz powstały w 2002 r. przy oczyszczalni ścieków zbiornik retencyjno-infiltrujący „Mokre Łąki”.
Większe jeziora – starorzecza Wisły znajdują się w północnej części otuliny: Kiełpińskie, Dziekanowskie w rejonie Łomianek oraz Dolne i Górne w rejonie Kazunia, a także kilka mniejszych w okolicach Secymina.
Na obszarze Puszczy Kampinoskiej występuje jeden ciągły czwartorzędowy poziom wodonośny obejmujący piaski i żwiry tarasów zalewowych i nadzalewowych Wisły. Miąższość warstwy wodonośnej jest zróżnicowana i przeciętnie wynosi około 50 m. Głębokość występowania wód podziemnych waha się w ciągu roku. Na wiosnę w wielu miejscach występują rozlewiska, jesienią woda opada i występuje na głębokości około 1-3m. Na pasach wydmowych głębokość do wód podziemnych jest uzależniona od ukształtowania powierzchni. W zagłębieniach między wydmowych znajduje się na głębokości 1- 3 metrów, a pod wydmami nawet do kilkunastu metrów. Odpływ wód podziemnych skierowany jest na zachód i północny zachód. Zasilanie wód podziemnych odbywa się głównie na obszarach pasów wydmowych, natomiast drenaż na pasach bagiennych.